平成15年～19年
| 統廃合年度 | 現在の市町名 | 学校名 | 当時の所在地 | 統廃合先 | 写真 |
| 平成19年度 | 四国中央市 | 寺内小学校 | 四国中央市新宮大字上山甲3483 | 新宮小に統合し新宮小中学校へ |  |
| 平成19年度 | 今治市 | 北浦小学校 | 今治市伯方町大字北浦甲2313 | 伯方小 |  |
| 平成19年度 | 今治市 | 伊方小学校 | 今治市伯方町大字伊方甲1821 | 伯方小 |  |
| 平成19年度 | 今治市 | 有津小学校 | 今治市伯方町大字有津甲921 | 伯方小 |  |
| 平成19年度 | 八幡浜市 | 磯崎小学校 | 八幡浜市保内町磯崎1501 | 宮内小 |  |
| 平成19年度 | 愛南町 | 僧都中学校 | 愛南町城辺僧都262 | 城辺中 |  |
| 平成18年度 | 伊方町 | 二名津中学校 | 西宇和郡伊方町二名津804 | 三崎中 |  |
| 平成17年度 | 久万高原町 | 柳井川小学校 | 上浮穴郡柳谷村大字柳井川3537 | 柳谷小 |  |
| 平成17年度 | 久万高原町 | 西谷小学校 | 上浮穴郡柳谷村大字西谷10156 | 柳谷小 |  |
| 平成17年度 | 八幡浜市 | 喜木津小学校 | 西宇和郡保内町喜木津2-353 | 宮内小 |  |
| 平成17年度 | 伊方町 | 串小学校 | 西宇和郡三崎町串473 | 正野小と統合し佐田岬小へ校名変更 |  |
| 平成17年度 | 伊方町 | 正野小学校 | 西宇和郡三崎町正野1043-1 | 統合し佐田岬小へ校名変更 |  |
| 平成17年度 | 松山市 | 怒和中学校 | 温泉郡中島町大字元怒和甲18 | 中島中 |  |
| 平成16年度 | 今治市 | 大三島北小学校 | 越智郡大三島町大字宮浦5145 | 統合し大三島小へ |  |
| 平成16年度 | 今治市 | 大三島南小学校 | 越智郡大三島町大字口総4010 | 統合し大三島小へ |  |
| 平成16年度 | 伊予市 | 野中小学校 | 伊予郡中山町大字出渕3-26 | 中山小 |  |
| 平成16年度 | 伊予市 | 永木小学校 | 伊予郡中山町大字中山午987 | 中山小 |  |
| 平成16年度 | 久万高原町 | 二名小学校 | 上浮穴郡久万町大字二名甲2361 | 父二峰小 |  |
| 平成16年度 | 内子町 | 長田小学校 | 喜多郡内子町大字五百木4192 | 立川小 |  |
| 平成16年度 | 伊方町 | 串中学校 | 西宇和郡三崎町串100 | 三崎中 | |
| 平成15年度 | 今治市 | 佐島小学校 | 越智郡弓削町佐島583 | 弓削小 |  |
| 平成15年度 | 久万高原町 | 小田深山小学校 | 上浮穴郡小田町大字中川小田深山国有林地 | 廃校 | |
| 平成15年度 | 伊方町 | 川之浜小学校 | 西宇和郡瀬戸町川之浜625 | 大久小 |  |
| 平成15年度 | 伊方町 | 名取小学校 | 西宇和郡三崎町名取200 | 二名津小 |  |
| 平成15年度 | 久万高原町 | 小田深山中学校 | 上浮穴郡小田町大字中川小田深山国有林地 | 小田中 | |
| 平成15年度 | 西予市 | 明浜東中学校 | 東宇和郡明浜町大字俵津8-316 | 統合し明浜中へ校名変更 |  |
| 平成15年度 | 西予市 | 明浜西中学校 | 東宇和郡明浜町大字宮野浦甲27 | 統合し明浜中へ校名変更 |  |