平成10年～14年
| 統廃合年度 | 現在の市町名 | 学校名 | 当時の所在地 | 統廃合先 | 写真 |
| 平成14年度 | 四国中央市 | 富郷小学校 | 伊予三島市富郷豊坂273-7 | H14休校、H25廃校 |  |
| 平成14年度 | 今治市 | 大下小学校 | 越智郡関前村大字大下甲1813 | 岡村小 |  |
| 平成14年度 | 久万高原町 | 黒藤川小学校 | 上浮穴郡美川村黒藤川1086 | 美川小 |  |
| 平成14年度 | 久万高原町 | 二箆小学校 | 上浮穴郡美川村黒藤川6333 | 美川小 |  |
| 平成14年度 | 久万高原町 | 美川西小学校 | 上浮穴郡美川村大字大川甲1775 | 美川小 |  |
| 平成14年度 | 久万高原町 | 美川南小学校 | 上浮穴郡美川村日野浦3376 | 美川小 |  |
| 平成14年度 | 大洲市 | 戒川小学校 | 喜多郡長浜町大字戒川乙903 | H14休校、H25廃校 |  |
| 平成14年度 | 鬼北町 | 富母里小学校 | 北宇和郡日吉村父野川上98 | 日吉小 |  |
| 平成14年度 | 松山市 | 睦月中学校 | 温泉郡中島町大字睦月1099 | H14中島中睦月分校となり、H15廃校 |  |
| 平成13年度 | 西条市 | 鞍瀬小学校 | 周桑郡丹原町大字鞍瀬甲371-1 | 中川小 |  |
| 平成13年度 | 久万高原町 | 中津小学校 | 上浮穴郡柳谷村大字中津4732 | 柳井川小 |  |
| 平成13年度 | 伊方町 | 有寿来小学校 | 西宇和郡伊方町伊方越140-1 | 伊方小 |  |
| 平成13年度 | 西予市 | 城川東中学校 | 東宇和郡城川町古市1773 | 統合し城川中へ校名変更 |  |
| 平成13年度 | 西予市 | 城川西中学校 | 東宇和郡城川町大字魚成5673 | 統合し城川中へ校名変更 |  |
| 平成12年度 | 久万高原町 | 渋草小学校 | 上浮穴郡面河村渋草2310 | 面河第一小と統合し、面河小に校名変更 |  |
| 平成12年度 | 久万高原町 | 面河第一小学校 | 上浮穴郡面河村大字大味川21-709 | 統合し、面河小に校名変更 |  |
| 平成12年度 | 西予市 | 惣川中学校 | 東宇和郡野村町大字惣川367 | 野村中 |  |
| 平成11年度 | 瀬戸崎小学校 | 越智郡上浦町大字甘崎3878 | 上浦小 |  |
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| 平成11年度 | 井口小学校 | 越智郡上浦町大字井口4497 | 上浦小 |  |
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| 平成11年度 | 盛小学校 | 越智郡上浦町大字盛2163 | 上浦小 |  |
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| 平成11年度 | 大洲市 | 岩谷小学校 | 喜多郡肱川町大字山鳥坂3744 | 廃校 |  |
| 平成11年度 | 愛南町 | 中玉小学校 | 南宇和郡城辺町中玉303 | 東海小 |  |
| 平成11年度 | 久万高原町 | 畑野川中学校 | 上浮穴郡久万町大字下畑野川甲875 | 久万中 |  |
| 平成11年度 | 久万高原町 | 直瀬中学校 | 上浮穴郡久万町大字直瀬甲3974-3 | 久万中 |  |
| 平成11年度 | 久万高原町 | 父二峰中学校 | 上浮穴郡久万町大字露峰甲364 | 久万中 |  |
| 平成10年度 | 四国中央市 | 金砂小学校 | 伊予三島市金砂町平野山232 | 中曽根小 |  |
| 平成10年度 | 西条市 | 鈍川小学校 | 越智郡玉川町大字鈍川丙247-1 | 九和小 |  |
| 平成10年度 | 愛南町 | 武者泊小学校 | 南宇和郡西海町武者泊615 | 福浦小 |  |
| 平成10年度 | 伊方町 | 町見中学校 | 西宇和郡伊方町二見甲842-1 | 伊方中 |  |